La ville existe vraisemblablement depuis l'Antiquité comme toutes les communes dont la dénomination est achevée par le suffixe "argues". En 1565, avec l'érection en duché-pairie du vicomté d'Uzès par Charles IX, la seigneurie d'Aimargues passa sous la domination de la maison de Crussol et devint le principal fief de la Basse-Vistrenque. Elle fut en effet avant la Révolution française instituée en baronnie.

La tradition attache à Aimargues, la devise latine "fluctuat nec mergitur" -la même qu'à Paris- que l'on traduit par : "elle flotte et ne sombre pas". Cela en référence aux armoiries de la ville "d'azur, à la rivière d'argent, ombrée d'azur, sur laquelle est une croix flottant à dextre de sable". La tradition veut également que ce soit le roi Louis IX, dit Saint-Louis, qui, partant pour la croisade, fit étape dans la cité avant de s'embarquer au port d'Aigues-Mortes.

Sous l'Ancien Régime, la petite ville jouissait d'une importance relative, étant siège de l'Archiprêtré au sein de la viguerie d'Aigues-Mortes. La ville perdit ses remparts sur ordre de Louis XIII. Elle quitta la tutelle d'Uzès dès la Révolution. Lors de la mise en place du département du Gard, en 1790, elle fut édifiée en chef-lieu de canton au sein du district de Nîmes.

La ville d'Aimargues est profondément marquée par la culture taurine. Fanfonne Guillerme, qui naquit le 31 octobre 1895 à Paris, 55 avenue Kléber, y passa de nombreuses années de son enfance puis finit par s'y installer définitivement afin de vivre sa passion de la race camarguaise (chevaux et taureaux).